英國脫歐，遠東的日本也被捲入了一場無妄之災，在世界經濟一體化的現代，牽一髮動全身，想要獨善其身是不可能的。
最明顯也是最先的，就是對日本金融市場、企業活動，對實體經濟造成影響。由於英國信用下跌，歐洲的經濟也將陷於不穩定中，因此市場的資金流向日元作為避險的投資，同樣情況也出現在瑞士法郎或黃金上。為什麼日元會是避險貨幣呢？最主要是因為長期的低利率甚至是負利率所致，由於低利率，政府不能再透過減息的手段刺激經濟，所以持有日元的虧損風險較低。亦因為低利率，日元往往成為投資者套利交易賺錢借入的幣種，但因為市場風險升溫，投資者被迫將套利交易平倉去止賺或止蝕，賣出相關幣種，買入日元還款，於是便會推高日元匯率，出現「被避險」的情況。
英國脫歐公投結果的當日日元已一度升到2年7個月以來的高位，1美元兌99日圓。同時股價下挫。股市大跌，更曾經觸發熔斷機制。日經平均指數曾一度下跌1300點，當天收市跌約8%。
事實上公投結果一出，麻生財務相已緊急開了一次記者招待會，對於脫歐做成的世界經濟及貨幣市場的危機表示極度擔心，會密切注視市場動向，政府會考慮在需要的時候介入貨幣市場。
當歐羅及英鎊匯率下跌，表示英國和歐洲的購買力下跌。日元匯率上升，更是大大影響了日本的輸出及企業在歐州的業務。根據帝国データバンク做的調查，至今年6月為止現時日本進出英國的企業數有1380間，數量在歐洲中僅次於德國，而直接投資額超過1兆7000億日元，是繼美國後在當地第2位多的投資額。企業類中製造業、銷售業、服務業、金融保險業佔多數，而且企業數中佔45.4%是大企業，包括日立、東芝、豐田、本田、日產等，這些企業很多都不希望英國脫離歐盟：
在英國製造鐵路列車及核能發電廠建造計劃的「日立製作所」東原敏昭社長於6月23日指出「已發出反對脫歐聲明，當然也有為應對脫歐成功而考慮的各種準備，會密切注視公投結果。」明確反對脫歐。而在英國有電力、媒氣、核能發電計劃業務的「東芝」綱川智社長亦表示脫歐會引起經濟的混亂所以不希望脫歐成功。
根據NHK於6月2日的時事公論中提到，現時有1089間日本企業的歐洲業務據點都設在英國，脫歐一旦成為事實，日本企業在歐洲也面對被迫大幅修改業務計劃。由於英國失去歐盟資格，英國與各國的進口關稅將會出現調整，再加上出入口的手續重新出現，對以經英國向歐洲各地出入口的日本企業勢必造成成本上漲。而以往在歐盟國家可以自由設立工場及營業點的方便也將會失去，需要重新申請各國的許可；聘用人手方面亦由於簽証不再適用於歐州全域，也失去了以往的便利性。因為脫歐後英國不再跟其他歐洲國家奉行同一經商法規，對於一直以整個歐州作統合部署的日本企業，需要處理的問題、手續及成本都會增加，所以有可能出現大量日本企業將據點從英國搬到其他歐盟國家的情況。
企業在歐洲的問題增加，加上日元匯價跟歐州的差距擴大，勢必影響日本的出口，再加上股市下跌，企業和個人投資意欲及消費意欲勢必減少，通縮將有機會出現。早前MIZUHO總合研究所試算日本GDP會因此出現0.1%－0.8%下調。
而由脫歐引起的經濟問題，也成為了將影響7月10日參議院選舉的引線。
日元匯價急升，股市下挫，對於以推低日元匯價為手段復興經濟的「安倍經濟學」儼如一盤冰水，原本打算在這次選舉大打經濟牌的自民黨，現在卻要面對各在野黨對「安倍經濟學」失利的攻擊。
事實上因為匯率上升，關稅等問題，令日本與歐盟交涉的「経済連携協定（ＥＰＡ）」也將陷於停滯不前。經濟產業大臣林幹雄在24日也表示原今年內有望達成一致的EPA協定現在要於今年內大致達成共識將會「變得嚴峻」。國內也隨即提出質疑安倍所提倡的「第三支箭」是否應該繼續推動的聲音。而在2014年，當安倍經濟學的第一及第二支箭射出後，第一及第二季的GDP依然錄得7.3％及1.6％的下降，所以國內亦早已存在對「安倍經濟學」批判聲音，對這一次參議院選舉增添不少變數。
外交方面日本擔心的是英國會跟中國走得更近，影響了他們在亞太區的影響力。
實際上由去年英國不理會美國反對成為G7國中首先加入中國主導的亞投行（AIIB）後，加上英國政府希望招攬中國投資英國促成的習近平訪英，都令日本擔心英國立場會向中國傾斜，如今一旦英國成功脫歐，不難想像在失去與歐盟的牽絆後，英國會尋求與中國發展更密切的經濟關係。
回顧歷史，金融風暴後日本曾提倡成立「亞州貨幣基金（AMF）」，目的想撇開美國和歐洲取代「國際貨幣基金（IMF）」在亞太區的影響力，同時希望確立日本在東亞地區的經濟及金融支配地位，最終成立「日元區」促進日元國際化。但因美國不願意看到日本在IMF以外另起爐灶並坐大在亞太區的影響，結果AMF宣告失敗。現今的AIIB正是當日日本希望做的事情。
合理地考慮的話日本沒理由不加入AIIB，但結果日本一再重申中國尚未就各種亞投行的問題作出清晰解釋所以到現在為止都沒有加入的打算。去年五月安倍晉三更在日本經濟新聞主辦的國際論壇上宣佈將在今後5年拿出累計1100億美元投資給亞洲的基礎設施建設，明顯想與亞投行抗衡。日本口裡雖說想和中國建立起戰略經濟關係，但骨子裡仍然不希望亞太區的主導權落入中國手中。所以日本對英國和中國走近一事其實是非常敏感。
同時，今年由於中國軍艦進入沖繩、尖閣諸島（釣魚台）海域，日本政府內對中國的警戒心也進一步增加，也有人擔心自天安門事件以後歐盟前身歐洲共同體（EC）對中國輸出武器的禁令將對英國失去約束力。6月24日外相岸田文雄發言表示日英關係一切正常：「日英兩國有共有的基本價值，有政治、經濟、安全保障等合作關係，將會努力繼續強化、維持相方關係」但同時也緊急派外務事務次官杉山晉輔於本月29及30日前往布魯塞爾及倫敦跟歐盟、英國關係人士作意見交流，可見日本對事件的重視和著急。
另外，英國脫離歐盟的公投在世界上很可能會帶起一輪新的獨立浪潮：大部分人表態留歐的蘇格蘭很大機會重啟獨立公投，北愛爾蘭為了留歐亦有機會啟動國界公投脫離英國回歸愛爾蘭。甚至因為不滿公投結果，已有超過16萬人連署要求「倫敦獨立」。這股浪潮最終會否影響到日本呢？說的正是沖繩的獨立問題。
去年安倍晉三強力推動普天間美軍基地遷至邊野古的事件，加上沖繩新任知事翁長雄志鼓吹的族群自決，令沖繩人對於自決、獨立的呼聲增加。當地2013年成立的琉球民族獨立綜合研究學會，主張脫離美日的控制，琉球建國，越來越多當地的年青人受到號召，官員也開始和東京保持距離，以迎合當地人的訴求。一直以來沖繩的人都討厭美軍，「普天間基地」事件，普遍人對安倍以「沖繩作為跟美國談判的籌碼而追求自己的目標」感到反感，日本在處理沖繩問題上已是個燙手山芋，受英國脫歐的漣漪效應，相信日後小小的火種也可能變成沖繩獨立的導火線，日本政府實在不得不慎重對應。
回顧香港，港獨是近年不少人提出的訴求，在世界翻天覆地的現在，從英國脫歐，我們能夠得到什麼啟示、借鏡？又應該如何自處，尋求出路？
